System 3 domen
W 1977 amerykański mikrobiolog i fizyk Carl Woese (1928–2012) rozpoczął badania rRNA, w wyniku których wyłonił trzy główne linie ewolucyjne organizmów. Nazwał je: Eubacteria (tzw. bakterie właściwe), Archaebacteria i Eukaryota. Wraz z innymi autorami dokonał podziału królestwa Monera (bakterii) na dwa królestwa: Eubacteria i Archaebacteria. Jego badania dały podwaliny systematyce bakterii opartej na filogenetyce. Odtąd taksonomia skupiała główną uwagę na genetycznym podobieństwie organizmów, podczas gdy dotychczas prym wiodły ich zbliżone cechy morfo- tudzież ekologiczne.
Autorzy rozpoczęli też dyskusję nad wyłonieniem wyższej od królestwa kategorii systematycznej. Woese od samego początku nie zgadzał się z powszechnie wówczas akceptowanym przez większość biologów podziałem dychotomicznym Prokaryota–Eukaryota. W 1990 przedstawił argumenty dla koncepcji podziału życia na Ziemi na trzy grupy, które nazwał domenami: Archaea (archeony), Bacteria (bakterie) i Eukarya (eukarionty – organizmy jądrowe).
C. Woese
Brytyjski biolog ewolucyjny Thomas Cavalier-Smith (ur. 1942) zaproponował w 1983 roku konkurencyjny system podziału organizmów na 6 królestw podzielonych pomiędzy 2 cesarstwa – organizmów jądrowych i bezjądrowych (obejmujący zwierzęta, rośliny, grzyby, pierwotniaki sensu Protista, tzw. chromisty – do których zaliczamy m.in. brunatnice oraz bakterie – obejmujące wszystkie organizmy prokariotyczne, a więc bezjądrowe), który jednak ma obecnie zdecydowanie mniejszą popularność.
System trzech domen jest do dziś uważany powszechnie za najbardziej uzasadniony oraz na bieżąco podlega modyfikacjom.
